В современной биологии сейчас не менее актуальна и проблема структурных уровней видообразовательного процесса (филогении). В этой области в последнее время выдвигаются новые проблемы и аспекты, требующие методологического их осмысления.
Так, Дж. Бернал, К. Анфинсен, А. Рич, А. В. Благовещенский и другие ученые выдвигают задачу изучения закономерностей развития видов и на молекулярном уровне, задачу раскрытия молекулярных основ эволюции органического мира.
Ученые настойчиво выдвигают идею о биохимическом, молекулярном уровне эволюционного процесса живых организмов.
В настоящее время теоретические исследования в этой области являются важнейшими проблемами поискового характера, которые приблизят ученых к более действенным исследованиям, связанным с решением практических задач. И действительно, в свете данных современной биологии, а также исторического развития научной теории видообразования от Дарвина и до наших дней есть все основания говорить о различных уровнях видообразовательного процесса.
Эти уровни следующие: морфологический, физиолого-метаболический, молекулярный (последние могут быть обобщены под названием молекулярно-метаболического).
Их познание не исключает, а дополняет друг друга. Взаимозависимость процессов молекулярного, метаболического и макроморфологического уровней наблюдается как в индивидуальном развитии, так и в филогенезе, в истории видов.
Эти три уровня можно рассматривать как платформы специфических биологических процессов, каждая из которых (платформ) создает базу для последующей: молекулярные процессы — для метаболических, а последние — для макроморфологических изменений.
«Философские проблемы медицины», Н.М.Амосов