И все же, наверное, наиболее жива память о нем в клинике, носящей его имя. Там, где работают его ученики, рука об руку ковавшие с ним национальную славу хирургии родного края. Еще не окончены научные темы, порученные им наставником. На операциях и при лечении больных они пользуются установками и методами, разработанными их учителем. В каждом кабинете, на каждом столе под стеклом лежит небольшая фотография, с которой на них добрыми, чуть грустными глазами смотрит их профессор, благославляя на каждодневный тяжелый труд.
И словно завещание прозвучали на III съезде хирургов Средней Азии и Казахстана в 1978 году слова его ближайшего помощника, ныне тоже покойного Бориса Константиновича Шубладзе:
«Введенная правительством Киргизии по инициативе Исы Коноевича йодная профилактика зоба в Киргизии и улучшение социальных условий жизни населения республики привели к тому, что пораженность населения зобом с 36,1% упала до 5—6%. Дети и наиболее работоспособная часть населения республики почти полностью освободилась от этого тяжелого недуга. Главная задача жизни советского ученого, хирурга Исы Коноевича Ахунбаева выполнена. За одно это он достоин самой доброй памяти народов Киргизии.
Дело чести его учеников и последователей довести это дело до конца и, выявив действие еще одного зобогенного фактора, поддерживающего остатки эндемии, полностью ликвидировать эндемический зоб в Киргизии, с тем, чтобы на постаменте будущего памятника Исе Коноевичу можно было написать: «Его трудом и трудом его учеников ликвидирован эндемический зоб в Киргизии». И это лишь маленькая толика его творческого наследия. Мы понимаем, что в небольшом очерке невозможно осветить все стороны его многогранной, плодотворной и интересной жизни. Ибо невозможно постигнуть настоящее и идти в будущее, не познав прошлое. Сегодня мы уже имеем на что опереться. Медицина Киргизии, ее хирургия уже прошли пору своего становления, ее аксакалы по достоинству входят в историю…
Вспоминая последний период его жизни, родные и близкие отмечают, что характер его несколько изменился. Скорее не изменился, а более четче проявились некоторые его черты. Все чаще его стали заставать о чем-то глубоко задумавшимся, более долгими стали его беседы с женой. Еще внимательнее он стал к просьбам и страданиям больных. За две недели до гибели он разослал всем друзьям и знакомым во многие города теплые новогодние поздравления с пожеланием успехов, здоровья, долгих лет жизни. 31 декабря 1974 года он попросил всех своих детей, внуков и родственников собраться у него дома для встречи нового 1975 года. В этот вечер он был очень ласков, удивительно добр, весел.»
«Хирург Ахунбаев», Н.И.Ахунбаева