В Киргизской республике остро ощущается нехватка кадров специалистов

Постепенно зарождается первая прослойка киргизской советской интеллигенции. Иса Коноевич привлекается к общественной и государственной деятельности. В августе 1935 года Иса Коноевич назначается заместителем Народного Комиссара здравоохранения Киргизской ССР по лечебно-профилактической части.

Начались годы напряженного труда в деле организации здравоохранения в Киргизии. Постоянные командировки во все области и районы республики, текущая работа в Народном Комиссариате здравоохранения. Постепенно закаляется характер, развиваются организаторские способности. И хирургия, хирургия, хирургия.

В сентябре 1941 года И. К. Ахунбаев назначается ассистентом кафедры общей хирургии Киргизского государственного медицинского института. Начинается педагогическая деятельность. Во время войны Иса Коноевич несколько раз подает рапорт с просьбой направить его на фронт. Но он был нужен в тылу. Дни и ночи у постели больных, выздоравливающих воинов Советской Армии.

Об одном из случаев, произошедших в те далекие годы, сообщила газета «Советская Киргизия» от 28 мая 1944 года: «В одной из отдаленных пограничных застав Киргизии в Тянь-Шаньских горах произошел несчастный случай. Старший лейтенант Александр Король был тяжело ранен пулей в живот. О несчастье немедленно сообщили во Фрунзе. Через два часа хирург орденоносец Иса Ахунбаев и операционная сестра городской клинической больницы Каминская прибыли на аэродром. Крайне неблагоприятные метеорологические условия помешали ночному вылету санитарного самолета. На рассвете, по настоянию хирурга, летчик Степанов повел самолет по мало изученной воздушной трассе через пять горных цепей и высочайшие перевалы. Несмотря на отсутствие посадочной площадки, Степанов удачно посадил самолет возле заставы.

Раненый находился почти в безнадежном состоянии, началось гнойное воспаление брюшины. Не теряя ни минуты, Ахунбаев приступил к операции, длившейся более полутора часов. Пуля пробила кишечник во многих местах. Хирург «заштопал» пулевые отверстия, очистил брюшную полость, засыпал рану стрептоцидом. Три дня он и Каминская не отходили от постели раненого, искусственно поддерживая деятельность сердца. К концу третьего дня медики погрузили раненого в самолет и доставили во Фрунзе в клинику профессора Царенко. На седьмой день кризис миновал. Лейтенант начал поправляться. На днях консилиум врачей установил, что он не только вскоре окончательно выздоровеет, но и вернется на военную службу в пограничные войска». 

«Хирург Ахунбаев», Н.И.Ахунбаева