Коллективом молодой Академии уже в течение первого десятилетия (1954—1964 гг.) были завершены разработки научных основ электрификации сельского хозяйства Киргизии, обобщен большой материал поисковых работ по ртути и сурьме, составлена технико-экономическая оценка эффективности внедрения автоматики на водно-энергетических объектах.
В области биологических наук удалось решить ряд научных проблем по продвижению зерновых и зернофуражных культур в зону высокогорья, выявлению эффективных мер борьбы с вредителями сельскохозяйственных растений и патогенными болезнями животных, изучению фауны и флоры. Важнейшими результатами деятельности обществоведов явилось издание трудов по этногенезу киргизского народа, по истории хозяйства киргизов, по культурному и колхозному строительству. В 1956 году выходит первое издание «Истории Киргизии» (в двух томах), публикуются монографии о прогрессивном значении добровольного вхождения Киргизии в состав России, «Русско-киргизский словарь», сводный сокращенный вариант «Манаса» и т. д.
Вместе с тем развитие народного хозяйства республики и, в частности, ее промышленности требовало все большего участия науки в создании высокоразвитой социалистической экономики Киргизии, в развитии образования и культуры киргизского народа. Это и обусловило создание в 1956—1958 годах при Академии наук Киргизской ССР Института экономики, Отдела стройматериалов, Отдела философии, а также 16 других секторов и лабораторий.
В 1960 году по решению ЦК Компартии Киргизии и Совета Министров республики Академия пополнилась еще четырьмя новыми институтами: автоматики, физики и математики, горного дела и металлургии, органической химии. Значительные успехи, которые были достигнуты коллективом одной из самых молодых академий страны за период с 1954 по 1960 годы во многом были непосредственно связаны с деятельностью ее первого президента. Ему впервые как президенту приходилось сталкиваться и решать сложные проблемы организации и развития целого ряда новых в республике научных направлений.
Трудности состояли и в том, что ему, как медику, приходилось касаться вопросов, не связанных с его специальностью. В те годы и раскрылся незаурядный организаторский талант И. К. Ахунбаева, его природный ум и находчивость, умение предвидеть будущее науки, четко формулировать практические и теоретические задачи, реально планировать научные исследования. Своей неиссякаемой энергией, редкой работоспособностью, умением общаться с людьми Иса Коноевич по праву заслужил любовь и глубокое уважение всего коллектива.
«Хирург Ахунбаев», Н.И.Ахунбаева